Kaupunginvaltuusto valitsee toimintakautensa ensimmäisessä kokouksessa jäsenet ja varajäsenet lautakuntiin neljäksi vuodeksi kerrallaan. Lautakuntien tehtävät määräytyvät hallinnonalakohtaisesta lainsäädännöstä ja tehtävistä. Yksityiskohtaisesti tehtävät ja toimivalta määritellään kunkin toimielimen kohdalla Paimion kaupungin hallintosäännössä.
Lautakunnat kokoontuvat itse päättäminään aikoina, käytännössä noin kerran kuukaudessa. Kokoukset ovat suljettuja. Kaupunginhallitus on nimennyt edustajansa kuhunkin lautakuntaan. Lisäksi kaupunginjohtajalla ja kaupunginhallituksen puheenjohtajalla on oikeus osallistua kokouksiin. Kokouksessa asiat käsitellään kirjallisen esityslistan pohjalta. Lautakunnan alaisen toimialan viranhaltijat valmistelevat asiat kokoukseen, ja ne esittelee lautakunnan alainen johtava viranhaltija. Pöytäkirjanpitäjänä toimii lautakunnan määräämä viranhaltija tai työntekijä.